新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
《小双侠》（英语表记：Yatterman）是从2008年1月14日到2009年9月27日在日本电视台系列上播放并且由读卖电视台和龙之子Production所制作的电视动画。包含限定版、全62话。为从1977年播放到1979年的《小双侠》（以下、本项目写成“第1作”）的重制版，但却未打上“小双侠系列”的标题。也是小双侠系列的第一部重制作品。所要找寻的东西从第一代的“4个骷髅石”到本作变成“要收集一定数量的骷髅指环”并且为了寻找它们而前往世界各地。其他、和第1代的各种要素有所不同。不仅有针对小双侠系列、也有针对许多对龙之子动画作品的致敬而成为集龙之子动画于大成的作品。
黑云川市。一个除教园皆邑之中，毫无特征的乡镇。人们勤奋中兴乡镇，吸引游客，但一切勤奋皆失落利了。然则，他们终究却以意念没有到的体式格局吸引了民众的注重。一个止事卤莽却又责任心强、劲头实足的牢靠青年。新海翔。他原本过着一般师长先生的镇静死涯，但当黑蛇津云神社的神器遭到损坏时，翔的一样寻常死涯收死了转变。正在阴影中，存正在着觉醉了超能力的少年少女。他本应只是死涯正在毫无特征的乡镇里的其余一个一般师长先生。他卷进了由占有超能力的人睁开的奇同运气……
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
