城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
很久以前，无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日，研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走，人类费尽千辛万苦阻止了暴走，取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们，为了预防敌人再次暴走袭来，而准备了巨大萝卜，并选出战士们进行训练，某日，这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go Buster！！ 他们的战斗，现在开始！
