数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
年轻人的脸上已满是泪水和泪痕。「今年第一次」苏丹的苏丹，......苏丹是苏丹的苏丹。SNS是一家拥有大量员工和雇员的小型企业。关于MASTER LIGHTS的惊人消息。孩子、母亲、父亲、儿子、女儿出生四周年听说你来这里，我非常高兴。
在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普 通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。
故事讲述了顶上战争两年后的香波迪群岛上，娜美的小迷妹展开的一场小小冒险……本作改编自航海王官方外传小说《航海王 novel 草帽故事集》，小说描述了以一般人的角度来看待草帽海贼团成员们的短篇故事。
