新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
在一个 6 岁时可以从各种动物神明处获得庇佑的奇幻世界中，性格极其内向、胆小的伯爵令嬢索菲亚·里拉意外得到了最强战斗系神明——“猩猩神”的祝福。她一心只想过平静的学园生活，却因这稀有的强大力量，吸引了王立骑士团的注意，甚至被破格招募为见习骑士。尽管索菲亚努力隐藏自己压倒性的力量，但她的天赋与实力却屡屡引起关注，而骑士团中优秀的年轻骑士们则对她格外关心与温柔守护。在这样一个奇妙的环境中，一场围绕“猩猩神力量”的超展开与意想不到的心动恋爱喜剧拉开了帷幕！
本片是中国最早引进的一部日本美少女类动画作品。 继承了花仙血统的少女小蓓（原名是Lulu Flower）在12岁生日当天遇到了花仙使者，她接受了花王国的任务，并得到一把“花钥匙”，为了完成自己的使命，她展开了寻找能带来幸福与快乐的“七色花”之旅。旅途中她受到了娜娜小姐和狸猫波琪的阻挠，但勇敢的小培，她用非凡的毅力与智慧，在朋友咪咪、来福和嘉文的帮助下，借助“花钥匙”的神奇力量，克服旅途中的困难，一次次化险为夷。她热心帮助别人，在旅行中结交了许许多多的朋友，并且得到了他们的祝福。历经了千辛万苦，小培终于在充满了大家爱与真诚的花园中，找到了七色花，完成了国王交给的任务，也找到了自己的幸福。
除了个性出乎意料的好外，六合鸨时（福山润 配音）只是一介普通青年，没想到一届大江户幕府末巡回展却彻底改变了他的命运。在会场突然遭遇妖怪袭击的鸨时进入了一个名为“雨月”的异世界，在那里，妖怪和人类混居，二足鼎立的局面即将被打破，一场人类和妖怪之间的战争一触即发。 在雨月，鸨时结识了救他于水火之中的女剑士朽叶（朴璐美 配音）和同样是穿越而来，一直在支持和帮助他的筱之女绀（游佐浩二 配音）。在三人的齐心协力之下，鸨月开始探索起了回到现世的方法。同时，在不知不觉中，三人亦被卷入了人界和妖界的争斗之中。毁灭还是生存？鸨月面临着必须做出的选择。
