结束了与新短笛大魔王的天下第一比武大会，我们的地球迎来了长达五年的和平时期，数次拯救世界的孙悟空（野泽雅子 饰）在此期间与琪琪走入婚姻殿堂，并生下了可爱的儿子悟饭。然而更大的危机一波又一波向勇敢的战士们袭来。打头阵的赛亚人拉迪兹，意外揭开了悟空的身世。宿命的对手贝吉塔则 让悟空真正见识到高手的存在。在此之后，那美克星、弗利札、超级赛亚人、人造人、未来少年、魔人布欧。精彩戏码接连上演，拉开了龙珠Z的宏大篇章…… 本片根据日本漫画家鸟山明的同名经典原著改编。
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责...
除了个性出乎意料的好外，六合鸨时（福山润 配音）只是一介普通青年，没想到一届大江户幕府末巡回展却彻底改变了他的命运。在会场突然遭遇妖怪袭击的鸨时进入了一个名为“雨月”的异世界，在那里，妖怪和人类混居，二足鼎立的局面即将被打破，一场人类和妖怪之间的战争一触即发。 在雨月，鸨时结识了救他于水火之中的女剑士朽叶（朴璐美 配音）和同样是穿越而来，一直在支持和帮助他的筱之女绀（游佐浩二 配音）。在三人的齐心协力之下，鸨月开始探索起了回到现世的方法。同时，在不知不觉中，三人亦被卷入了人界和妖界的争斗之中。毁灭还是生存？鸨月面临着必须做出的选择。
