美术馆仓库内的一副石棺因为意外而打开，被封印了800年的Greeed因此而复活。复活后的Greeed力量并不完全，所以他们以组成身体的硬币制造出“Yummy”。Yummy通过吸食人类欲望而成长，同时体内的硬币也会增加。Greeed以此收集硬币。 偶然卷入复活事件的无理想、无欲望青年火野映司，因为自身的正义感而与Yummy战斗。而五个Greeed之一的Ankh，因为硬币的不足而导致除右手外都不能变身。Ankh看中了映司单纯的性格，于是把OOO Driver交给映司，让映司变身为假面骑士OOO消灭Yummy，自己从中获得硬币。 假面骑士OOO的战斗到底会如何？Ankh能否重新获得身体？同时，与Greeed有莫大关系的“鸿上基金会”的目的又是什么？ 带着众多谜团，假面骑士OOO的故事开始了……
除了个性出乎意料的好外，六合鸨时（福山润 配音）只是一介普通青年，没想到一届大江户幕府末巡回展却彻底改变了他的命运。在会场突然遭遇妖怪袭击的鸨时进入了一个名为“雨月”的异世界，在那里，妖怪和人类混居，二足鼎立的局面即将被打破，一场人类和妖怪之间的战争一触即发。 在雨月，鸨时结识了救他于水火之中的女剑士朽叶（朴璐美 配音）和同样是穿越而来，一直在支持和帮助他的筱之女绀（游佐浩二 配音）。在三人的齐心协力之下，鸨月开始探索起了回到现世的方法。同时，在不知不觉中，三人亦被卷入了人界和妖界的争斗之中。毁灭还是生存？鸨月面临着必须做出的选择。
“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……
