这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……
某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给城市带来了不小的麻烦，这让友里惠明白了，越是高强的能力，就越要小心的使用。 神也要恋爱呀，在友里惠的眼里，二宫健儿（宫崎一成 配音）就是那个集万千有点为一身的他。对待感情有些笨拙的友里惠能否如有神助的对二宫健儿坦白自己的心情呢？
作为一名超级英雄最大的任务是什么？当然是同恶势力战斗保卫世界和平！对此，天体战士桑雷德（高木骏 配音）却有着他的苦恼，不仅仅是因为在生活中，他是个没有工作的废柴，总是被女友内田加代子（锅井真纪子 配音）抱怨，还因为他最大的敌人班普将军（山田ルイ53世 配音），居然是街坊邻里间公认的超级好好先生。更让他感到无语的是，班普将军和内田加代子之间，居然建立了良好的邻里关系！ 但是作为一名称职的反派，尽管面临着被教训和暴打的命运，班普将军还是一次又一次的向桑雷德呈递着挑战书，而在反复的交锋中，桑雷德和班普的友谊也渐渐地深厚起来。
