新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
作为一名超级英雄最大的任务是什么？当然是同恶势力战斗保卫世界和平！对此，天体战士桑雷德（高木骏 配音）却有着他的苦恼，不仅仅是因为在生活中，他是个没有工作的废柴，总是被女友内田加代子（锅井真纪子 配音）抱怨，还因为他最大的敌人班普将军（山田ルイ53世 配音），居然是街坊邻里间公认的超级好好先生。更让他感到无语的是，班普将军和内田加代子之间，居然建立了良好的邻里关系！ 但是作为一名称职的反派，尽管面临着被教训和暴打的命运，班普将军还是一次又一次的向桑雷德呈递着挑战书，而在反复的交锋中，桑雷德和班普的友谊也渐渐地深厚起来。
“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……
