U.C.(宇宙世纪)0079年,人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星,让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫,遂宣布独立,更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达,卷入后来被称为“一年战争”中,并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
高中二年级的春天,雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲,与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走,让其改过自新。另一方面,在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台,作为高中生过着日常生活的同时,放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕!
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明,但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平,所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代,地球上已经筑起了新的文明,但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来,凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士,将担负起保卫地球的重任。