U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。
除了个性出乎意料的好外，六合鸨时（福山润 配音）只是一介普通青年，没想到一届大江户幕府末巡回展却彻底改变了他的命运。在会场突然遭遇妖怪袭击的鸨时进入了一个名为“雨月”的异世界，在那里，妖怪和人类混居，二足鼎立的局面即将被打破，一场人类和妖怪之间的战争一触即发。 在雨月，鸨时结识了救他于水火之中的女剑士朽叶（朴璐美 配音）和同样是穿越而来，一直在支持和帮助他的筱之女绀（游佐浩二 配音）。在三人的齐心协力之下，鸨月开始探索起了回到现世的方法。同时，在不知不觉中，三人亦被卷入了人界和妖界的争斗之中。毁灭还是生存？鸨月面临着必须做出的选择。
