在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给城市带来了不小的麻烦，这让友里惠明白了，越是高强的能力，就越要小心的使用。 神也要恋爱呀，在友里惠的眼里，二宫健儿（宫崎一成 配音）就是那个集万千有点为一身的他。对待感情有些笨拙的友里惠能否如有神助的对二宫健儿坦白自己的心情呢？
