故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
在他的船上发现幻影区投影仪后，超人与一名刑期已满的囚犯取得联系并释放了他。
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
