今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。 作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。
位于日本北海道某市的区役所，福祉事务课迎来了三名新人。为了报复不负责任给其申报了超长名字的公务员而进入政府部门的天然呆女孩山神（茅野爱衣 配音）、外表冷漠却温柔贤惠善于倾听以至于成为滔滔不绝的阿婆们倾诉对象的三好沙耶（中原麻衣 配音），以及系出公务员世家全才自信八面玲珑的超阳光青年长谷部丰（铃木达央 配音）。在从业八年但极度缺乏依靠感和存在感的前辈一宫大志的指导下，三人展开全新的职场生活。这里有非常热衷Cosplay宁愿以临时职员身份就职的前辈千早惠（丰崎爱生 配音），过度依恋哥哥经常来区役所刁难捣乱的一宫塔子（大久保瑠美 配音），更有内向到不露真身而依靠玩偶兔子指导工作的课长百井兼蔵（小山力也 配音）。看似枯燥的区役所，性格各异的人们让这里乐趣多多……本片根据高津カリノ创作的四格漫画改编。
很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司…… 司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司…… 帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了…… 尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了…… 司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键…… 到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……
