新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来,人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员,与研究所员齐心协力,面对强大的敌人!究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身!SHINKALION!
帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆,而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险,渐渐接近了这个世界的真实……