高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
供职于西德艾斯勒纪念医院的日本人天马贤三被人称作“天才医生”，他的外科技术精湛，为人谦和，受到同事的羡慕和医患的敬仰。事业上，天马前途一片光明，为院长所看好；爱情上，院长的女儿爱娃与之相恋，如胶似漆。然而看似一切美好的天马却渐渐感到良心上的不安，他亲眼目睹院方为抢救重要人物而置病危的普通人于不顾，死者家属的指责和哭泣让天马备受煎熬。当这种两难抉择再一次到来之时，天马毅然选择抢救一个头部中枪的男孩。他牺牲了自己的事业和爱情，却换来一个可怕怪物的复活。在接下来的岁月里，天马和怪物约翰展开了斗智斗勇的游戏，一段尘封的历史慢慢被揭开……
自从中东乌拉圭的遗迹调查设施天国之门的大爆炸，或是说xx(Twin x)以后已经過了十几年。Twin x可以说是历史上最大的灾难。在那以后的世界，因为天空被封闭的镜“Sheltering Sky”所覆蓋，地磁场变得异常，以电脑为主的电子仪器全都不能使用，人类回到了以前的时代的生活。 被认定为Twin xx的主犯的圆輝道博士的子女——龙也和紀世子承受着世间的嘲讽，同时，又肩负着母亲死后遗留下來的庞大的债务，过着逃避债主的生活。 直到一个下雨天，二个人在街上的西式建築碰到了三个青年，命运的軸轮终于开始转动，将他們带向不可知的未來…… Twin xx爆发真正的原因是什么？天国之门又是什么？ 圆博士和GILGAMESH，露加和伯爵夫人的真意是什么？ 各种各样的迷团冒出來，关系着世界命运的战斗，被操纵，究竟会去向何方？
