城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛,遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时,光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内,力失控,Eyes准备向力发动攻击,武藏决要阻止,危急中,超人高斯终于回来。
在耶麻台国女皇选举的盛典中,人们都沉浸在热闹的氛围里,却没有料到危机的迫近······ 等到火的护卫(日魅子生父母,当时日魅子还是婴儿)向墨火祈祷和准备完毕后,众候选人在祭司的陪同下开始进入地下神殿。此时,依雅才发现大事不妙······正当选举进行时,突然传来了警报---狗根国以浮游要塞发动大规模袭击。城里顿时火海一遍。由于疏远防范,致使狗根国很快就控制了局势,形势不利下,依雅只能眼看着紫香乐进入地下神殿。 选举已经被打断,而紫香乐为了满足其父王的统一愿望,想将墨火抢走用来征服世界,并杀掉女皇后补们以除后患。出于保护意识,众候选人突然间被墨火传送到城的上空了,但在他们眼下的,是硝烟弥漫的耶麻台国······在地下神殿里,紫香乐为了知道将墨火转移的方法,以火魅子作威胁,为了保护日魅子的一与(火魅子之母)被紫香乐所杀。在得不到答复下火魅子被投向火焰中,但奇迹出现了,光包围着火魅子,在配合祭司们的咒语下,火魅子消失了······片刻之后,暗之泉涌出来了,发现了秘密的紫香乐奸险地笑了起来······另一方面,女皇后补们各自接受了不同的任务,向着自己的目的地出发了······ 清早上学的路上,碰到九峪的日魅子向他开了个玩笑,没想到弄得九峪尴尬不堪······在挖掘场里和姬岛的闲谈中,九峪不禁回想起与日魅子的初次相遇······ 下午,九峪在二人初遇的石阶上找到了正在面壁沉思的日魅子,在与她攀谈当时情景的时候,日魅子突然被光所包围,发觉和当时情景相似的九峪奋不顾身地也冲进光里,随后,二人消失了······
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人,她们隐藏自己的力量,在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式,偶尔召开一些会议,喝喝茶,赏赏花。倾听着地球的声音,了解自然的她们,为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活,现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴,因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果,大家都很清楚。但是好景不长,平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气,那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们,认为无用的力(魔法)只不过是一种绊脚石罢了,因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开,瘴气向世界各地扩散着,有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们,决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来,传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们,被称为了次世代魔女,即魔法少女。