新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
在能源日渐枯竭的时代，发现可从锶合金矿石（ジャパニウム鉱石）中提取超级能源“光子力”，并以日本热海为光子力实验都市。觊觎光子力、企图征服世界的地狱博士，所属阿修罗、布洛肯军团及机械兽向光子力研究所发动进攻，兜甲儿驾着其祖父制造的超级机器人“魔神Z”挺身而战……。
某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给城市带来了不小的麻烦，这让友里惠明白了，越是高强的能力，就越要小心的使用。 神也要恋爱呀，在友里惠的眼里，二宫健儿（宫崎一成 配音）就是那个集万千有点为一身的他。对待感情有些笨拙的友里惠能否如有神助的对二宫健儿坦白自己的心情呢？
纱仓响（法伊鲁兹·爱 Fairouz Ai 配音）是一个对美食非常热衷的女子高中生，从来没有考虑过饭量和身材之间的关系的响，因为某一天被朋友说长胖了而整个人生都受到了颠覆。夏天眼看着就要来了，不能再这样下去了！纱仓响决定开始健身，而仅凭一己之力想要坚持下去是很不容易的，于是，纱仓响来到了健身房。运动万能成绩优异的学生会长奏流院朱美（雨宫天 配音）、温柔体贴的上原彩也香（石上静香 配音）、虽然身为俄罗斯留学生日语却非常流利的吉娜·波特（东山奈央 配音）、拥有着不为人知的秘密的教师立花里美（堀江由衣 配音），在健身房里，纱仓响很快就交到了朋友。
