某天，时隔10年回到日本的少年一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。知道了“舞武器”的存在，以及自身也是“舞武器使者”的东，与遇到的同伴们一起，为了让沉眠于地下、被称为“王舞”的舞乱伎（巨人）复活而开始行动。
这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。 然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说， 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件……以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
在能源日渐枯竭的时代，发现可从锶合金矿石（ジャパニウム鉱石）中提取超级能源“光子力”，并以日本热海为光子力实验都市。觊觎光子力、企图征服世界的地狱博士，所属阿修罗、布洛肯军团及机械兽向光子力研究所发动进攻，兜甲儿驾着其祖父制造的超级机器人“魔神Z”挺身而战……。
