新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来，人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员，与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身！SHINKALION！
片仓结平（藤田大助 配音）是一个个性开朗的高中三年级生，帅气的外表和作风让他在女生间有着极高的人气。某日，接到姐姐片仓铃子（远藤久美子 配音）的急电，匆匆赶回家的结平面前，矗立着一位面容娇俏的可爱女孩。女孩名叫坂下柚夜（黑葛原未有 配音），是结平的远房表妹，母亲的突然失踪让抚养柚夜的重任担负到了片仓一家的头上。 面对着突如其来的变故，结平感到不知所措，自己本来就还是一个贪玩的孩子，居然要去照顾另一个更加调皮和古灵精怪的妹妹。然而，随着了解的加深，结平发现，柚夜其实是一个非常善良和细腻的女孩，自己也开始思考起作为抚养人的责任和义务。每个人，都在挫折和失败中渐渐变得成熟和坚强起来。
佐暂间凛子是正在芥边侦探社工做的女巨匠长先生。她的雇主阿暂田边收现了她的能力，当她做为他的助足知足他的请供时，她相识到了阿暂田边做为“妖怪侦探”的秘稀一里。
一晃眼，上一次的“黄昏事件”已经过去四年了，风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟（皆川纯子 配音）想都没想就进入了游戏之中，而玲奈（中原麻衣 配音）亦尾随其后，一同和他们进入游戏的，还有米蕾尤（松冈由贵 配音）。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪，在他和玲奈的面前，竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军，而秀悟更是因此game over，就在秀悟弥留之际，一个神秘少女出现在了他的眼前，用一个吻使得秀悟死而复生，复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移，众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏，黑暗里，一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
故事开始于一个宇宙中心的一个星球。“银河铁路”的全部的始发站迪斯特尼,主人公有紀学（ユウキマナブ）20岁，继承已故父亲和兄的意思入队守护银河铁路的安全的空间铁路警备队 (通称“SDF”)。SDF，在宇宙中维护银河铁路的运行日程的利益，因为各交通线路发生的事故，自然灾害和救命急救和宇宙海盗的讨伐等。 并与一个谜样的美女蕾拉相遇,她具有人和生物，惑星的命运的预见能力！蕾拉帮助着铁道站的旅行者们而被称为命运的守护者.然而,威胁银河铁道的最大危机迫近,而有纪的命运又会如何呢.
“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……
