工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
