工藤新一是全国著名的高中生侦探,在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助他的阿笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生,他们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!
一晃眼,上一次的“黄昏事件”已经过去四年了,风平浪静许久的The World中再度发生了似曾相识的神秘事件。秀悟(皆川纯子 配音)想都没想就进入了游戏之中,而玲奈(中原麻衣 配音)亦尾随其后,一同和他们进入游戏的,还有米蕾尤(松冈由贵 配音)。 不了解这个世界的规则的秀悟很快就吃了瘪,在他和玲奈的面前,竟然出现了罕见的强大怪物铠战将军,而秀悟更是因此game over,就在秀悟弥留之际,一个神秘少女出现在了他的眼前,用一个吻使得秀悟死而复生,复生后的秀悟成为了黄金腕轮的继承者。随着时间的推移,众人发现游戏中的世界似乎遭到了某种侵蚀和破坏,黑暗里,一个阴谋正在缓慢酝酿之中。
转学到南葛小学的大空翼是一个热爱足球的少年,他在此结识了石崎、大姐头等一好友,还邂逅了最初的对手修哲小学的若林源三。热爱足球的孩子们齐聚求日本少年足球大赛,大空翼、若林、三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎等极具天赋的足球少年相继崭露头角,从小学到中学,这群孩子在球场上不断比拼磨练,相互赶超,渐渐成为了日本足球新生代的骨干。他们参加世青赛,远征欧罗巴,与当今世界上各路强者对决,跟昂首阔步迈近了世界杯的赛场…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编,囊括“小学生篇”、“中学生篇”、“ジュニアユース篇”、“Road to 2002”等4个部分,共52话。