与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
時は天保十一年（1840年）。大飢饉により人心が乱れた世において、鬼が人の姿に化け、戯れに人をたぶらかすようになっていた。 江戸の街から遠く離れた山間の集落?葛野（かどの）。この集落に、甚太と鈴音という兄妹が暮らしていた。幼い頃に、ある理由から葛野に来たよそ者の二人だったが、皆に受け入れられ仲睦まじく日々を過ごしていた。 集落には、「いつきひめ」と呼ばれる巫女がおり、成長した甚太は巫女の護衛役を務めるように。そしてある日、甚太は鬼の討伐に赴いた森で、遥か未来を語る不思議な鬼に出会う―― 巫女の護衛役として死と隣り合わせの甚太、その身を心配しつつも健気に明るく兄を送り出す鈴音、巫女「いつきひめ」として責務を果たす中、鬼に命を狙われる白夜。三人の運命の歯車が重なり、そして狂う時。人と鬼、長きに渡り時代をも巻き込む大きな災いが降り注ぐ。 江戸から平成へ。刀...
这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。 然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说， 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
在耶麻台国女皇选举的盛典中，人们都沉浸在热闹的氛围里，却没有料到危机的迫近······ 等到火的护卫（日魅子生父母，当时日魅子还是婴儿）向墨火祈祷和准备完毕后，众候选人在祭司的陪同下开始进入地下神殿。此时，依雅才发现大事不妙······正当选举进行时，突然传来了警报---狗根国以浮游要塞发动大规模袭击。城里顿时火海一遍。由于疏远防范，致使狗根国很快就控制了局势，形势不利下，依雅只能眼看着紫香乐进入地下神殿。 选举已经被打断，而紫香乐为了满足其父王的统一愿望，想将墨火抢走用来征服世界，并杀掉女皇后补们以除后患。出于保护意识，众候选人突然间被墨火传送到城的上空了，但在他们眼下的，是硝烟弥漫的耶麻台国······在地下神殿里，紫香乐为了知道将墨火转移的方法，以火魅子作威胁，为了保护日魅子的一与（火魅子之母）被紫香乐所杀。在得不到答复下火魅子被投向火焰中，但奇迹出现了，光包围着火魅子，在配合祭司们的咒语下，火魅子消失了······片刻之后，暗之泉涌出来了，发现了秘密的紫香乐奸险地笑了起来······另一方面，女皇后补们各自接受了不同的任务，向着自己的目的地出发了······ 清早上学的路上，碰到九峪的日魅子向他开了个玩笑，没想到弄得九峪尴尬不堪······在挖掘场里和姬岛的闲谈中，九峪不禁回想起与日魅子的初次相遇······ 下午，九峪在二人初遇的石阶上找到了正在面壁沉思的日魅子，在与她攀谈当时情景的时候，日魅子突然被光所包围，发觉和当时情景相似的九峪奋不顾身地也冲进光里，随后，二人消失了······
