在人界，存在着从人们的梦想和希望中横溢而出的力量“纯心”。纯心对魔法界而言，是力量的源泉。邪魔界的邪魔男爵企图征服魔法界，组织起“邪魔邪魔团”（无理太郎、无用子、无望之丞），开发出让人放弃梦想的“放弃之石”，来到了人界。 为了阻止邪魔界的野心，为了保护人们的梦想和希望，魔法界的魔法教母，将提娅拉派往人界。提娅拉经营的宝石商店成为了连接魔法界与人界的桥梁。 提娅拉所带来的魔法战士美月与凛和精灵・魔可喵一起把因“放弃之石”而堕落的人类“弃梦者”净化
十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点，在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战！
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
天之川学园高中来了一位理飞机头并穿短袍的奇怪转校生，他的名字是如月弦太朗，有着“和全校同学成为朋友”的远大目标。初到校的弦太朗结识了神秘少年歌星贤吾，并再次遇见青梅竹马城岛有希。 同一时刻，校园里出现了Zodiarts怪人。弦太朗于是借助从贤吾手中得来的Fourze Driver，变身成为假面骑士Fourze……以天之川学园高中为舞台，高中生英雄的战斗现正开幕。
“发射一枚导弹需要花费多少？”“战斗人员的制服干洗费用是多少？”以现实的主题为观点，至今未闻的“经济上正确的”机器人英雄故事。 年轻的技术人员冲野铁郎，带着自己开发的新型机器人BULLBUSTER，被派往害兽驱除公司波止工业。 与由田岛担任社长的波止对峙的是被名为“巨兽”的神秘生物！ 此外，作为一个总是缺钱的小公司，波止总是受到经济问题的影响…… 机器人的燃料费、驾驶员的人工费，甚至一颗子弹的浪费都是不可接受的。 在消灭巨兽的“理想”和成本的“现实”的夹缝中，波止的未来会是怎样？
线上游戏THE NEW GATE，因玩家数众多而热闹至极的虚拟世界突然发生剧变，将人们囚禁在游戏世界中，折磨着他们。为了打破这种痛苦的现状，身为游戏内最强玩家的一名青年——进决定挺身而出。阻挡在他面前的，是这个世界最强大的敌人“原初”。“结束了……！！！！”在殊死战的最后，进的一刀贯穿了“原初”的身体。回响的系统通知声宣告游戏破关，以及遭到囚禁的玩家们将获得解放。在人们一个个注销时，进也打算跟着向习以为常的世界告别，然而就在他注销的瞬间，崭新的大门突然开启——进受到光芒包覆后，映入他眼帘的竟是……游戏破关500年后的THE NEW GATE世界。身为最强玩家的青年将在变化为现实的游戏世界中，缔造出全新的传说。
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
