小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
这是一个女王统治一个宇宙的世界…… 这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地” 据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。 本故事中登场的是两个宇宙…… 在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。 还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。 然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”…… 17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。 对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说， 即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。 在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决…… 在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……
河野贵明（福山润 配音）是一个性格非常内向的男孩。由于父亲工作的缘故，他和贵明的母亲双双前往海外，只留下贵明一个人看家。贵明患有恐女症，在女生面前会陷入恐慌之中无法动弹，因此，贵明的父亲将他托付给了隔壁的青梅竹马柚原木实（落合祐里香 配音）照顾。 虽然贵明害怕女生，但他的女人缘却好的吓人。像个大大咧咧的向坂环（伊藤静 配音）、行踪神秘的女孩草壁优季（佐藤利奈 配音）、个性文静内向的图书管理员小牧爱佳（力丸乃梨子 配音）和自称是外星人的古怪少女美空（夏树莉绪 配音），贵明会和这些女孩们碰撞出怎样精彩的故事呢？
