本片改编自同名小说，讲述了镝木庆一作为一对夫妇被杀的杀人事件的嫌疑犯被捕，被判处死刑。他在移送过程中逃脱。镝木越狱的消息在电视等媒体上被大肆报道，警方虽然全力追查镝木的行踪，但仍未能抓到他。另一方面，事件受害者夫妇中丈夫的母亲井尾由子患有痴呆症，受到了事件的创伤，仍在护理机构进行疗养。镝木一边逃跑一边在躲藏的地方改变了名字和样子，他与施工现场的工作人员野野村和也等许多人相遇，并将他们从困境中解救出来。当野野村他们发现镝木是通缉中的死刑犯时，对于“他真的是杀人犯吗？”开始产生疑问。
一早在土魯斯各地發現了屍體，案件交由資深隊長Simon Keller偵辦。協助辦案的是剛從警校畢業的C?cile Gimet，這是她第一次實地調查。他們發現謀殺案與克勞德努加羅(Claude Nougaro)一首歌的歌詞有關。疾病纏身的Keller希望能盡快結案，C?cile會發現這個案件使得童年的痛苦秘密重新浮現。
1909年，著名的伊藤博文暗杀事件由于神秘人物井上源的出现被阻止，紧接着人类的历史被改写，到2009年，整个东亚地区均成为日本帝国的领土，汉城更成为日本第三个极其重要的城市。韩裔“日本人” 板本正行（张东健）是日本调查局一名忠心耿耿的特务，他的好友兼搭档是西乡将二郎（仲村亨），而他的强劲对手是名叫“朝鲜自由”的地下抗日组织。“朝鲜自由”制造了对井上美术博物馆的恐怖袭击，板本正行受命调查时，一块来自石器时代的出土于中国哈尔滨的石头“月灵”令他于无意间发现日本帝国隐藏了整整一百年的大阴谋，重新选择了人生道路，更与西乡将二郎由朋友变成敌人。
电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝政府在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。
