那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。
二海堂昶（小野大辅 配音）是个性格孤僻不爱上学的不良少年，在一次逃学的路上，昶遇见了一位行事神秘的黑衣男子。男子名叫白银（诹访部顺一 配音），他告诉昶，自己和昶有着不可分割的羁绊，并和昶约定晚上十时在校舍见面。昶并不将此当做一回事，但令他没有想到的是，通过这次见面，一个光与影的新世界展开在了昶的面前。 在校舍，昶遭到了神秘怪物的袭击，虽被白银所救，但昶却永远的失去了自己的影子。为了保持自己的存在感，昶与白银签订了契约，白银成为了昶暂时的影子。之后，被成为“黑魑”的怪物不断的骚扰着两人，而昶也被卷入了一场影子的争夺战之中。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
