「神健」是个在路边修车勉强维生的修理工，然而大部分都被认为是个路边的骗子。有一天，神健遇到了花钱不眨眼的「杰伊克」，为了可以保住这个「贵客」，神健在修车时动了个手脚，只为了让杰伊克的车几天后自己故障，然后再次找自己修车。原以为自己抓到了一只肥羊，然而知道杰伊克与危险的事件有关联后，一心只想摆脱杰伊克的神健却越是挣扎越是无法摆脱⋯
线上游戏THE NEW GATE，因玩家数众多而热闹至极的虚拟世界突然发生剧变，将人们囚禁在游戏世界中，折磨着他们。为了打破这种痛苦的现状，身为游戏内最强玩家的一名青年——进决定挺身而出。阻挡在他面前的，是这个世界最强大的敌人“原初”。“结束了……！！！！”在殊死战的最后，进的一刀贯穿了“原初”的身体。回响的系统通知声宣告游戏破关，以及遭到囚禁的玩家们将获得解放。在人们一个个注销时，进也打算跟着向习以为常的世界告别，然而就在他注销的瞬间，崭新的大门突然开启——进受到光芒包覆后，映入他眼帘的竟是……游戏破关500年后的THE NEW GATE世界。身为最强玩家的青年将在变化为现实的游戏世界中，缔造出全新的传说。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
