经过一番艰苦鏖战,救世主战部渡(瓦塔诺)终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团,创界山(左开山)再次回复原本的秀美景色。在此之后,渡回到人类世界,和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长,多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山,七色彩虹失去色彩,黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻,创界山的人民重新找回渡,请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具,随后和龙神丸、忍部火美子(希米格)飞往星界山,与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
因为憧憬的前辈、摄影部部长牧之原的毕业,新任摄影部部长雨宫五月陷入了消沉。在朋友雾山杏的鼓励下,五月重新振作起来,购买了新的全景相机,却迟迟没有到货。发现卖家就在附近的五月和杏找到了学校附近的粗点心店,与漫画家秋山春乃相遇了。之后,摄影部与敷岛樱子的电影部合并,成为了“电影摄影研究部”(日语:シネフォト研究部),共同帮助春乃的漫画取材。
今年,大学新鲜人泽木惣右卫门直保(坂口大助 配音)进入农业大学农学部,开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密,他能够看见存在于空气中的“菌”,甚至能够徒手抓住菌以及与其对话,这样的超能力对于农业专业的直保来说,无疑是如虎添翼,但是,麻烦也随之而来。 作为直保的亲梅竹马,直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤(斋贺观月 配音)创造了不少的便利。同时,外表意外老成的学长美里熏(小西克幸)和各方面都圆滚滚的川滨拓马(杉山纪彰 配音)都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里,直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。