来自美国《世界新闻》报社的记者斯蒂芬·马丁（雷蒙德·波尔 Raymond Burr 饰）乘飞机前往开罗，在东京转机期间却遭遇令他永生难忘的事情。日本方面一艘打捞船突然与陆地失去联系，前往救援的船只也不幸遇难。从幸存者的口中世人得知，这些遇难船遭到了恐怖的怪物哥斯拉的袭击。著名古生物学家山根京平博士对遭遇袭击的大户岛进行勘查，证实哥斯拉实为两百万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，由于受到原子弹的辐射和氢弹试验的影响而发生突变，并重现人间。人类面临空前的灾难，斯蒂芬成为了这场灾难的见证者…… 本片根据香山滋的科幻小说改编，该版本为美国重新剪辑并在国内公映的版本。
理查德博士（尤安•格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人冯•杜姆（朱利安•麦克马洪 Julian McMahon 饰）、宇航员本•格林姆（麦克•切克里斯 Michael Chiklis 饰）、博士的前女友苏•斯通（杰西卡•阿尔芭 Jessica Alba 饰）以及她弟弟约翰尼•斯通（克里斯•埃文斯 Chris Evans 饰）。
该片讲述了道士们争夺传闻中神剑的高丽末期和外星人出没的2022年之间的时光之门被打开后，引发的异想天开的故事。
影片分为三段故事，约翰.卡彭特拍前两则，托比.胡柏拍最后一则故事。卡彭特本人惟妙惟肖的扮演贯穿全片的负责讲故事的停尸房的老死尸，其幽默的演出绝对具有专业水准。他将停尸房里的一具死尸，一堆烂肉和一粒眼珠的生前经历娓娓道来…
宇宙中最邪恶的物种都被一条神秘的消息吸引来到一座宁静的星球小镇：圣诞。博士和他的朋友们必须要破解出这条信息，因为博士的命运与整个宇宙的命运都握在其中。
最先与灭霸军团遭遇的雷神索尔一行遭遇惨烈打击，洛基遇害，空间宝石落入灭霸之手。未几，灭霸的先锋部队杀至地球，一番缠斗后掳走奇异博士。为阻止时间宝石落入敌手，斯塔克和蜘蛛侠闯入了敌人的飞船。与此同时，拥有心灵宝石的幻视也遭到外星侵略者的袭击，为此美国队长、黑寡妇等人将其带到瓦坎达王国，向黑豹求助。幸免于难的索尔与星爵一行相逢，随后他们兵分两路。索尔与火箭、格鲁特踏上再铸雷神之锤的旅程，星爵则与卡魔拉等人试图阻止灭霸的恶行。而知晓灵魂宝石下落的卡魔拉，同样是其义父灭霸追踪的对象。
