东京地下城

波多野宪二对高速水上赛艇绕圈比赛中猿之回旋充满狂热，所以他决定成为一个赛艇选手。波多野宪二在大和赛艇学校里学习以超过一年了。跟着他终于获得第一次以赛手资格亮相！！                                                                      　　在他那顽固的导师教导下，他每天都要施展浑身解数同和他敌对的同班同学洞口雄大及更多能手较劲。为了实显他对童年女伴许下的诺言，波多野宪二不顾一切的在水上驰骋！！

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

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在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。