小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
城市中出现了来历不明的光病毒。 SRC中的Eyes队成员为要确认光源搜寻至镝矢岛，遇上了对怪兽充满爱心的预备飞行员春野武藏。此时，光病毒入侵怪兽力特里亚斯体内，力失控，Eyes准备向力发动攻击，武藏决要阻止，危急中，超人高斯终于回来。
在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织 配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……
十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。 一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。
