工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
小桃与厄卡伦踩进秘稀温泉小镇，极具要挟的朋友即将现身……
在耶麻台国女皇选举的盛典中，人们都沉浸在热闹的氛围里，却没有料到危机的迫近······ 等到火的护卫（日魅子生父母，当时日魅子还是婴儿）向墨火祈祷和准备完毕后，众候选人在祭司的陪同下开始进入地下神殿。此时，依雅才发现大事不妙······正当选举进行时，突然传来了警报---狗根国以浮游要塞发动大规模袭击。城里顿时火海一遍。由于疏远防范，致使狗根国很快就控制了局势，形势不利下，依雅只能眼看着紫香乐进入地下神殿。 选举已经被打断，而紫香乐为了满足其父王的统一愿望，想将墨火抢走用来征服世界，并杀掉女皇后补们以除后患。出于保护意识，众候选人突然间被墨火传送到城的上空了，但在他们眼下的，是硝烟弥漫的耶麻台国······在地下神殿里，紫香乐为了知道将墨火转移的方法，以火魅子作威胁，为了保护日魅子的一与（火魅子之母）被紫香乐所杀。在得不到答复下火魅子被投向火焰中，但奇迹出现了，光包围着火魅子，在配合祭司们的咒语下，火魅子消失了······片刻之后，暗之泉涌出来了，发现了秘密的紫香乐奸险地笑了起来······另一方面，女皇后补们各自接受了不同的任务，向着自己的目的地出发了······ 清早上学的路上，碰到九峪的日魅子向他开了个玩笑，没想到弄得九峪尴尬不堪······在挖掘场里和姬岛的闲谈中，九峪不禁回想起与日魅子的初次相遇······ 下午，九峪在二人初遇的石阶上找到了正在面壁沉思的日魅子，在与她攀谈当时情景的时候，日魅子突然被光所包围，发觉和当时情景相似的九峪奋不顾身地也冲进光里，随后，二人消失了······
阿久津栄太（あくつ えいた）は、ぼっちで陰キャのメカオタク。 そんな彼にも、心ひそかに憧れる女の子がいた。 超美人で明るい人気者のギャル?我妻マキナ（あがつま まきな）である。 そのマキナが、ある夜、栄太の家の玄関に現れる。 何やら様子のおかしい彼女が、いきなり裸をあらわにしてみせると…… そこにあったのは、人間とは異なる機械の体だった！ エッチのために作られながら、アダルト情報にアクセス制限をかけられたAIロボのマキナ。 女性には潔癖症で、どこまでもお人好しな童貞の栄太。 二人のメカバレ厳禁な同居生活が始まる！
十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。 一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。
