尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……
一位未来的工薪阶层父亲反复梦到被未知力量摧毁。当他的噩梦开始影响自己与家人的关系时，他便很快意识到，外星人的无情攻击开始摧毁地球，而这些噩梦也许是骇人现实的关键线索。随着入侵者一波又一波的凌厉攻击，他必须寻找保护家人的力量，并弄清自己的真实身份。
