舞台是在某个国家的某个地区莫斯特城市。 在陈旧大楼的二楼有一家发行《月刊妄想科学》的小出版社。 《月刊妄想科学》是一本异想天开,报道“真是吓人一跳!”的事件、即使是科学家也会发出“要不行啦!”声音的超科学现象的科学杂志。 工作人员只有帅哥主编兼编辑的塔罗·J·铃木。再加上小学生助手吉罗·田中和狗狗三郎。 编辑部一直是空的,塔罗、吉罗和三郎都沉浸在同一栋大楼1F的咖啡馆《岩石(ROCK)》中。 有一天,科学家戈洛·佐藤前来咨询,由此开始了一个异想天开的故事……。
故事发生在樱丘高中,围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中,担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯(丰崎爱生 配音),担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪(日笠阳子 配音),担任鼓手的部长,是非常有活力的田井中律(佐藤聪美 配音),温柔热情的键盘手是琴吹紬(寿美菜子 配音),吉他手是学妹中野梓(竹达彩奈 配音)。新学年开始,除了小梓,大家都升上三年级,还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部,来年四名成员毕业离校,轻音部就要面临废部的命运了。
在人界,存在着从人们的梦想和希望中横溢而出的力量“纯心”。纯心对魔法界而言,是力量的源泉。邪魔界的邪魔男爵企图征服魔法界,组织起“邪魔邪魔团”(无理太郎、无用子、无望之丞),开发出让人放弃梦想的“放弃之石”,来到了人界。 为了阻止邪魔界的野心,为了保护人们的梦想和希望,魔法界的魔法教母,将提娅拉派往人界。提娅拉经营的宝石商店成为了连接魔法界与人界的桥梁。 提娅拉所带来的魔法战士美月与凛和精灵・魔可喵一起把因“放弃之石”而堕落的人类“弃梦者”净化
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人,她们隐藏自己的力量,在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式,偶尔召开一些会议,喝喝茶,赏赏花。倾听着地球的声音,了解自然的她们,为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活,现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴,因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果,大家都很清楚。但是好景不长,平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气,那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们,认为无用的力(魔法)只不过是一种绊脚石罢了,因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开,瘴气向世界各地扩散着,有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们,决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来,传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们,被称为了次世代魔女,即魔法少女。
今年,大学新鲜人泽木惣右卫门直保(坂口大助 配音)进入农业大学农学部,开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密,他能够看见存在于空气中的“菌”,甚至能够徒手抓住菌以及与其对话,这样的超能力对于农业专业的直保来说,无疑是如虎添翼,但是,麻烦也随之而来。 作为直保的亲梅竹马,直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤(斋贺观月 配音)创造了不少的便利。同时,外表意外老成的学长美里熏(小西克幸)和各方面都圆滚滚的川滨拓马(杉山纪彰 配音)都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里,直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。