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工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

来栖黑悟（市川太一 配音）是一名普通的高中一年级学生，热爱歌舞伎表演的他做梦都想要能够以歌舞伎的形象登上舞台。然而，校园里却并没有歌舞伎社团，于是黑悟决定自食其力，创办了歌舞伎社。然而，想要建立一个社团必须要凑满5名社员，就这样，为了实现自己的梦想，黑悟开始了在校园中的奔走游说。                                                                      　　冷淡疏离不善言辞的村濑蜻蜓（梅原裕一郎 配音）、个性开朗渴望获得关注的阿久津新（逢坂良太 配音）、出身名门的大少爷蛯原仁（河西健吾 配音）、母亲是日本舞老师的丹羽花满（岛崎信长 配音），随着黑悟的努力，这些志同道合的好友们渐渐聚集在了他的身旁。