工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
本作为原创动画，将描绘游戏原作的遥远未来。故事以「グランシード学院」为舞台，以新世代的学生ネモ和ファリア两人为中心，讲述与不知名的「英雄」定下了契约的少年ネモ，在一次讨伐边境时与「グランシード学院」的学生会会长ファリア相遇，进而展开的原创故事。
青秋期综开征――听说中由没有稳固的肉体状态引收的巧妙征象。曾于下中时期重遇过各种青秋期综开征少女的"梓川咲太"也已成为巨匠长先生。做为国平易远级人气女演员的情人"樱岛麻衣"一同考进金泽八景某年夜教的他，正在校园里收现了一位没有应时令的迷您裙圣诞少女。吃了一惊。"您居然能瞥睹我啊"似曾相识的台词。
